Nel primo episodio della serata: ‘MINACCIA ATOMICA‘ Clark e Lana passano la notte insieme alla fattoria dei Kent e, la mattina, vengono sorpresi da Jonathan e Martha. La discussione tra padre e figlio viene interrotta dall’arrivo di Chloe che porta una grave notizia: Gabriel, l’informatico che lavorava al Torch, si è impadronito di un sito missilistico e ha intenzione di lanciare una testata nucleare su Smallville per distruggere tutti i mutanti. Clark e Chloe trovano Gabriel, che, però, spara a Clark, e porta via Chloe con se.
Clark morirà in ospedale, ma Jor-El, che si è impadronito del corpo di Lionel, riporta in vita il figlio ridandogli tutti i poteri cui aveva rinunciato, avvertendolo, però, che c’è un prezzo terribile da pagare: ben presto la vita che gli è stata donata, verrà tolta a qualcuno che gli è molto caro. Gabriel intanto ha fatto partire il missile, ma Clark con i ritrovati poteri riesce a fermarlo.
Nel secondo episodio della serata ‘AQUA’ Lois (in gran forma) è tornata a Smallville. Mentre fa si tuffa nel lago, ha un incidente e rischia di annegare. Clark si precipita a salvarla, ma viene anticipato da AC, un ragazzo di Miami, che dimostra di saper nuotare addirittura più velocemente di lui. Il ragazzo si veste coi colori che “casualmente” 
richiamano, così come i suoi poteri, Acquaman… Così, dopo un giovane Flash ecco un incontro con un altro supereroe del futuro, con poteri non provenienti dai meteoriti di Smallville.
Dopo il salvataggio, fra Lois e il misterioso nuotatore nasce un’attrazione. Clark nutre dei sospetti e indaga su AC. Scopre così che il ragazzo è venuto a Smallville per impedire a Lex di mettere a punto una pericolosissima arma sottomarina, il Leviatano.
AC, che ricava i suoi notevoli poteri dall’acqua, ha deciso di proteggere i mari da questa e da ogni altra minaccia. Con l’aiuto di Clark riesce a far fallire il progetto di Lex…
Da segnalare in questi episodi (e nei prossimi della quinta stagione) la presenza di James Marsters noto al pubblico televisivo per aver interpretato il vampiro Spike nelle serie Buffy ed Angel. In Smallville sarà un professore di Clark dotato di grande cultura, ma… beh vedrete